El argumento inicial, la gran idea de Wario para hacerse rico en dos días programando juegos, es la esencia de Wario Ware Inc.: Minigame Mania. A partir de ahí, serás absorbido por un vertiginoso torbellino de más de 200 minijuegos que duran sólo unos pocos segundos cada uno, todos ambientados con divertidísimas y extrañas escenas protagonizadas por los colegas de programación de Wario.